الأمانة العامة

ومقرها بالرباط عاصمة المملكة المغربية
مجلس الشورى

يتألف مجلس الشورى لاتحاد المغرب العربي من ثلاثين عضوا عن كل دولة عضو في الاتحاد، يقع اختيارهم من الهيئات النيابية للدول الأعضاء أو وفقا للنظم الداخلية لكل دولة؛
يعقد المجلس دورة عادية كل سنة، كما يعقد دورات استثنائية بطلب من مجلس الرئاسة.
يبدي مجلس الشورى رأيه فيما يحيله عليه مجلس الرئاسة من مشاريع وقرارات، كما له أن يرفع لمجلس الرئاسة ما يراه من توصيات لتعزيز عمل الاتحاد وتحقيق أهدافه،
الهيئة القضائية

وتتألف من قاضيين اثنين عن كل دولة وتعينهما الدولة المعنية لمدة ست سنوات، وتجدد بالنصف كل ثلاث سنوات، تختص بالنظر في النزاعات المتعلقة بتفسير وتطبيق المعاهدات والاتفاقيات المبرمة في إطار الاتحاد التي يحيلها إليها مجلس الرئاسة أو إحدى دول الأطراف في النزاع، وتكون أحكام الهيئة ملزمة ونهائية، كما تقوم بتقديم الآراء الاستشارية في المسائل القانونية التي يعرضها عليها مجلس الرئاسة، ومقرها بنواكشوط في موريتانيا.
الأكاديمية المغاربية للعلوم

تهدف إلى إقامة إطار للتعاون بين مؤسسات البحث العلمي والتكوين العالي في بلدان الاتحاد وبينها وبين المؤسسات المماثلة بالوطن العربي والبلدان الأجنبية، و تطبيق سياسة بحث علمي وتكنولوجي مركزة على الجوانب التنموية المشتركة بين أقطار الاتحاد باعتبار الوسائل والإمكانيات المتوفرة، وتمكين الباحثين في الاتحاد من المشاركة في تطوير العلوم واستيعاب التقنية وتوظيفها بطريقة مؤثرة في الأوساط العلمية والتقنية، والحد من هجرة الأدمغة المغاربية إلى البلدان الأجنبية وتوفير محيط علمي يسمح بإدماج المتخصصين في بلدان المغرب العربي وكذلك الباحثين المغاربيين المقيمين بالخارج، ومقرها بطرابلس بليبيا.
جامعة المغرب العربي